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Title Scripts Bioinformática
Grupos de Scripts desarrollados por Helix BioS para análisis bioinformáticos:

-Chip-seq: scripts necesarios para realizar un análisis completo de datos de Chip-Seq. Este proceso incluye el alineamiento, detección de picos y sitios de unión y comparación con bases de datos.

-Ensamblado de novo Bacterias Virus: scripts necesarios para realizar un ensamblado de Novo completo de genomas víricos y bacterianos. Este proceso abarca desde el control de calidad, ensamblado, así como la evaluación y curado del ensamblado manera automática y directa.

-Ensamblado genoma de novo: scripts necesarios para realizar un ensamblado de Novo completo de genomas sin importar la especie. Este proceso abarca desde el control de calidad, ensamblado, así como la evaluación y curado del ensamblado manera automática y directa.

-Exomas_completos: scripts necesarios para realizar un análisis completo de Single Nucleotide Variants (SNV) en datos de exoma completo. Este pipeline recoge desde el control de calidad, hasta la detección, filtrado y anotación de los SNV que se encuentren (SNPs e Indels).

-Exomas_GATK: scripts necesarios para realizar un análisis completo de Single Nucleotide Variants (SNV) en datos de exoma completo. Este pipeline recoge desde el control de calidad, hasta la detección, filtrado y anotación de los SNV que se encuentren (SNPs e Indels).

-Exomas_Panel: scripts necesarios para realizar un análisis completo de Single Nucleotide Variants (SNV) en datos de Paneles Genéticos. Este pipeline recoge desde el control de calidad, hasta la detección, filtrado y anotación de los SNV que se encuentren (SNPs e Indels).

-Exomas_Trios: scripts necesarios para realizar un análisis completo de Single Nucleotide Variants (SNV) en datos de exoma completos provenientes de estudios de tríos familiares (Padre, Madre y descendiente). Este pipeline recoge desde el control de calidad, hasta la detección, filtrado y anotación de los SNV que se encuentren (SNPs e Indels).

-Metagenomica_16s: scripts necesarios para realizar un análisis completo de metagenómica de amplicones, orientado al 16s bacteriano (metabarcoding bacterial 16S) basado en OTUs. Abarca desde el control de calidad, clusterización y eliminación de quimeras, creación de tabla de OTUs, asignación taxonómica y medición de índices de diversidad. En estos pipelines se usan tanto la suite de estudio de metabarcoding de Usearch como Kraken2.

-Metagenomica_18s: scripts necesarios para realizar un análisis completo de metagenómica de amplicones, orientado al 18s eukariota (metabarcoding eukaryotal 18S) basado en OTUs. Abarca desde el control de calidad, clusterización y eliminación de quimeras, creación de tabla de OTUs, asignación taxonómica y medición de índices de diversidad. Este pipeline usa como programa principal Usearch.

-Metagenomica_ITS: scripts necesarios para realizar un análisis completo de metagenómica de amplicones, orientado al ITS de hongos (metabarcoding fungal ITS) basado en OTUs. Abarca desde el control de calidad, clusterización y eliminación de quimeras, creación de tabla de OTUs, asignación taxonómica y medición de índices de diversidad.

-Metagenomica Shotgun: scripts necesarios para realizar un análisis completo de metagenómica/metabarcoding a partir de datos de secuenciación Shotgun de DNA total de una muestra. Este proceso abarca desde la identificación de pathways y taxones presentes en la muestra, así como la detección y cuantificación de genes concretos.

-miRNA: scripts necesarios para realizar un análisis completo de miRNA (micro RNA), desde su detección, tanto canónicos como de Novo, así como la obtención de las métricas de expresión de manera automática y directa.

-RNA_circular: scripts necesarios para realizar un análisis completo de RNA circulares (circRNA), desde su detección, reconstrucción, así como la obtención de las métricas de expresión de manera automática y directa.

-RNA-seq: scripts necesarios para realizar un análisis completo de expresión a partir de datos de RNA-seq, incluyendo el alineamiento, sitios de splicing de Novo y detección de transcritos de Novo; así como la obtención de las métricas de expresión de manera automática y directa.

-Transcriptoma_denovo: scripts necesarios para realizar un ensamblado de transcriptoma de Novo completo. Incluyendo los controles de calidad, ensamblado de transcritos, filtrado y comparaciones con bases de datos de manera automática y directa.

-Variant_calling: scripts necesarios para realizar un análisis completo de variantes del tipo SNV (single nucleotide variants), que incluyen SNPs e Indels. Estos scripts están optimizados para que puedan ser usados sobre cualquier especie/genoma de referencia.

-Variant_calling_rnaseq: scripts necesarios para realizar un análisis completo de variantes del tipo SNV (single nucleotide variants), que incluyen SNPs e Indels, sobre datos de RNA-seq. Estos scripts están optimizados para que puedan ser usados sobre cualquier especie/genoma de referencia.
Work type Software and Database designs
Tags helix bioinformatics solutions, jose maria lezcano valvderde, bioinformática, virginia sebastián ibáñez, scripts, raquel álvarez tello, helix bios, carlos garrido- allepuz herrera, s.l.

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Identifier 2110289652949
Entry date Oct 28, 2021, 12:17 PM UTC
License All rights reserved
Copyright info provided by 4U ABOGADOS TORRALBA Y FEDRA S.L.P.,

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All exploitation rights . Holder HELIX BIOINFORMATICS SOLUTIONS, S.L.. Date May 11, 2026.
Author. Holder Carlos Garrido- Allepuz Herrera. Date May 11, 2026.
Author. Holder JOSE MARIA LEZCANO VALVDERDE. Date May 11, 2026.
Author. Holder Virginia Sebastián Ibáñez. Date May 11, 2026.
Author. Holder Raquel Álvarez Tello. Date May 11, 2026.


Information available at https://www.safecreative.org/work/2110289652949-scripts-bioinformatica